《明清臺灣檔案彙編》資料來源以已刊文獻為主，蒐集範圍及於各種明清檔案彙編、方志、碑刻以及文集等，其他如書信、議論以及具社會規範作用之公文，原則上不在收錄之列。
　　檔案文件之編排按時間順序，由前而後依序排比。每件都盡量註記確切年月日，以便徵引查核。若年月日無法確認者，則以有限的線索將文件編排於同朝、同年、同月之末。
　　文建會所推動的一項長期性臺灣歷史資料徵集、整理、出版計畫。目的在收集海內外所典藏之臺灣歷史相關史料，並委請學者專家整理校勘，出版供國人使用。這種為重建臺灣歷史所做的奠基工作，正是國家文化建設的基礎工程，因此初期將先以明清時期之政府檔案、方志的整理為起步，日後再逐步整合、擴充及於古契約、私人文集、筆記、書信等，這些史料將持續蒐集到二十世紀的部分，資料來源亦不限於臺灣公家所藏，舉凡私人所有、海外所見者，也將竭力網羅，使臻於完整。